Stephan Guttowski studierte Elektrotechnik mit den Schwerpunkten Mess- und Automatisierungstechnik, Regelungstechnik und Prozessdatenverarbeitung/Robotik an der Universität Rostock von 1989 bis 1990 und an der Technischen Universität Berlin von 1990 bis 1994. Nach seinem Studium promovierte er von 1995 bis 1998 auf dem Gebiet der Elektromagnetischen Verträglichkeit leistungselektronischer Systeme bei Prof. Dr.-Ing. K. Heumann an der TU Berlin.

Nach erfolgreichem Abschluss der Promotion ging er für einen Post-Doc-Aufenthalt an das Massachusetts Institute of Technology (M.I.T.) in Cambridge, USA. Hier leitet er die Forschungsgruppe zur Untersuchung der Auswirkungen der Einführung neuen 42-V-Bordnetzes auf die Elektromagnetische Verträglichkeit in Straßenfahrzeugen. Nach seiner Rückkehr arbeitete er von 1999 bis 2001 im Forschungslabor Elektrische Antriebe der DaimlerChrysler AG an Fragestellungen der Vorhersage elektromagnetischer Störungen in elektrisch angetriebenen Fahrzeugen.

Seit Oktober 2001 ist Stephan Guttowski Mitarbeiter des Fraunhofer IZM. Hier war er von 2002 bis 2005 Leiter der Gruppe Advanced System Development.

Seit 2006 leitet er die Abteilung System Design & Integration. Stephan Guttowski hat mehr als 50 Konferenzbeiträge und Zeitschriftenartikel als Autor oder Koautor veröffentlicht.